У сваёй дзейнасці ён выкарыстоўвае разнастайныя формы работы: правядзенне аглядавай і 5-ці тэматычных экскурсій, прадметных урокаў, класных гадзін, заняткаў факультатываў, арганізацыю сустрэч са знакамітымі людзьмі, правядзенне тэматычных вечарын і семінараў, школьных конкурсаў і канферэнцый, свят і выстаў. Акрамя гэтага, музей займаецца арганізацыяй пошукавай і краязнаўчай работы навучэнцаў, навукова-даследніцкай дзейнасці вучняў; у ім вядзецца летапіс школы. Абсталяванне памяшкання музея стылізаванымі пад даўнейшую школу сталамі і лаўкамі дазваляе лёгка пераўтварыць яго ў глядзельную, лекцыйную або канферэнц-залу. Дзверы музея заўсёды адчыненыя ў час школьных перапынкаў, таму вучні школы маюць магчымасць наведаць яго самастойна ў любы момант. Да іх паслуг і частка экспазіцыі музея, якой яны могуць пакарыстацца: шашкі, шахматы, гітара, лічыльнікі і інш.
Музей падтрымлівае шэраг школьных традыцый (правядзенне экскурсій для першакласнікаў і выпускнікоў школы, Дзён адчыненых дзвярэй і г.д.), яго матэрыялы выкарыстоўваюцца ў вучэбнай і пазакласнай рабоце, у пошукавай і даследніцкай дзейнасці вучняў, пры правядзенні ідэалагічнай і краязнаўчай работы.
Савет музея штогод праводзіць этнаграфічныя экспедыцыі па збору новых экспанатаў, удзельнічае ў выпуску школьнай краязнаўчай газеты “Койданаўскі тракт”. З мэтай прапаганды краязнаўчай дзейнасці музея і школы выдадзены даведнік “Народны краязнаўчы музей школы № 90”, брашура “Девяностая. История одной минской школы”, дапаможнік для навучэнцаў “Районоведение. Октябрьский район г. Минска”, кніга “Под парусами «Бригантины”.
Краязнаўчая дзейнасць музея і школы неаднаразова асвятлялася на старонках гарадской і рэспубліканскіх газет, часопісаў, у праграмах Беларускага тэлебачання і радыё.
